在不为世人所知的地下,存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的蛮社改所,而实际上则是专门对付各国潜入日本的妖夷,并负责将他们秘密抹杀的政府隐蔽机关。该组织的头目名为小笠原放三郎,是个醉心于“兰学”,并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行·鸟居耀藏的差